Nel 1988, quando aveva solo 18 anni, John Frusicante diventa il nuovo chitarrista dei Red Hot Chili Peppers, e secondo quanto ha raccontato Flea in una nuova intervista: «Ha portato nella band qualcosa che nessuno di noi era in grado di fare». Nel primo album in studio insieme alla band, Mother’s Milk, Frusciante ha seguito il suono punk-funk del primo chitarrista e fondatore della band, Hillel Slovak, poi ha portato i Red Hot Chili Peppers ad un altro livello: «Eravamo una band inimitabile, ma lui è stato capace di trasformare la nostra unicità in grandi canzoni. È il migliore di tutti noi, è bravissimo con gli accordi e le melodie ed è un vero studioso della forma canzone. Io suonavo nel mio modo bizzarro, lui ha portato qualcosa che io non sapevo fare». Anthony Kiedis è stato secondo Flea il primo a beneficiare dell’influenza di Frusciante, sia nella scrittura dei testi che nel modo di cantare, guidando la band verso il successo mondiale di Blood Sugar Sex Magik.
Quando ha lasciato i Red Hot Chili Peppers, tra il 1992 e il 1998 e poi ancora dal 2009 al 2019 al suo posto sono arrivati prima Dave Navarro e poi Josh Klinghoffer, ma nessuno dei due ha cambiato davvero il suono della band. «Io ho imparato molto da lui, e sono migliorato» ha detto Flea, ricordando la magia dell’album Californication del 1999 e il ritorno nel 2022 con l’album Unlimited Love, «Con John abbiamo scritto canzoni davvero uniche». Tutto il mondo del rock ha dovuto confrontarsi con il suo tocco sulla chitarra: recentemente il chitarrista dei Rammstein Richard Kruspe ha detto: «Riesce a creare con tre sole note quello che gli altri non riescono a fare suonandone trecento».
